Ny metode til at finde sygdomsgener

Avanceret protein massespektrometri skal finde proteiner med kontakt til hinanden

Mange sygdomme er nedarvede. Kortlægningen af den menneskelige arvemasse med dens 20-25.000 gener har betydet, at den genetiske årsag til flere tusind såkaldte simpelt nedarvede sygdomme er opklaret. Det er sygdomme hvor et enkelt gen er defekt.

Det har dog vist sig, at årsagen hos nogle patienter med tilsyneladende simpel nedarvning ikke kan forklares ved en enkelt gendefekt. Dette er tilfældet ved fedtsyrenedbrydningssygdomme, SCAD-mangel, hvor nogle patienter har defekter i SCAD-genet, mens andre ikke har defekter i SCAD-genet, som kan forklare SCAD-manglen. Disse patienter må have defekter i andre gener, som medfører SCAD-mangel.

Forskere ved Molekylærmedicinsk Forskningsenhed på Århus Universitetshospital, Skejby, har den hypotese, at der findes andre gener, der koder for proteiner, som er nødvendige for at SCAD-proteinet kan fungere korrekt, og at disse proteiner er i kontakt med SCAD.

Forskerne har derfor påbegyndt et projekt, som er støttet af Forskningsrådet for Sundhed og Sygdom, hvis formål er at identificere proteiner, der i cellen findes i nær kontakt med SCAD. Projektets perspektiv er for det første at finde eventuelle defekter i sådanne proteiner, som supplerende med analyse af SCAD-gendefekter kan benyttes ved diagnose af SCAD-mangel. For det andet er formålet at udvikle en generel metode til at identificere proteiner, der er i nær kontakt med hinanden i cellen.

Metoden benytter avanceret protein massespektrometri (LC-MS/MS), ved hvilken flere hundrede proteiner kan måles på en gang. Efter isolering af den del af cellen, som indeholder det interessante protein – i dette tilfælde mitokondrierne med SCAD-proteinet, opdeles disse ved forskellige metoder til at adskille proteiner i fraktioner (gelelektroforese). Fraktionerne analyseres hver for sig ved LC-MS/MS, og det registreres ved avancerede computermetoder hvilke proteiner, der følger hinanden i fraktionerne.

At proteinerne følger hinanden i fraktionerne, kan betyde at de er i fysisk kontakt med hinanden, men det beviser ikke en sådan kontakt. Derfor skal kontakten bevises med andre – mere traditionelle - metoder. Projektet er flerårigt og udføres i samarbejde med forskere ved Department of Medical Genetics, Pittsburgh University, USA.

Flere oplysninger
Professor, Niels Gregersen, Tlf. 8949 5140, nig@ki.au.dk